Los documentos cuentan que nació y creció en Todi, en donde fue ordenado prebítero por el obispo Ponciano, que elogió su bondad y rectitud.
No dejó de asistir a las comunidades, de confesar en las cárceles y de visitar las casas de los más necesitados durante los tiempos de persecución. Se puso al lado de los torturados, acompañándolos muchas veces durante el martirio.
Cuando se recrudeció la persecución, Benigno de Todi se dedica más que nunca a la predicación y evangelización pública. Aquello le costaría pronto el ser apresado y obligado a abjurar de su fe.
Murió degollado tras un largo martirio en el año 303. Los restos donde lo enterraron fueron después la fundación de un monasterio benedictino. En 1904 se colocaron sus reliquias en el altar mayor de la iglesia de San Silvestre.