D. Javier nació en Madrid el 20 de diciembre de 1947, hijo de padres asturianos. Sus padres, Francisco y Pilar, fueron a Madrid muy jóvenes, con menos de veinte años, para abrirse camino en la vida.

Inició sus estudios en un colegio laico del barrio de Argüelles, el colegio “Decroly”. Ingresó en el Seminario de Madrid en 1959, siendo ordenado sacerdote el 3 de abril de 1972. Ejerció su primer ministerio pastoral en Casarrubuelos, una pequeña población al Sur de Madrid, hasta finales de 1974. En esos primeros años de ministerio comenzó su trabajo con grupos de jóvenes, colaborando a la recreación en Madrid de la Acción Católica General de Jóvenes, y también en la Escuela Diocesana de Cursillos de Cristiandad.

Estando en Casarrubuelos, obtuvo la Licenciatura en Teología Bíblica por la Universidad Pontificia de Comillas en 1973, con el tema de la memoria de licencia “Los orígenes de la tradición evangélica según la escuela escandinava”. Poco después, sería destinado al estudio: primero como becario del Consejo Superior de Investigaciones Científicas (1975-77), para trabajar sobre el tema “El Hijo del Hombre. Contribución al estudio del sustrato arameo de los Evangelios”, y luego en el extranjero: tras un semestre en Alemania (Sankt Georgen, Frankfurt a. M.), estudió un año en la Escuela Bíblica Francesa de Jerusalén (curso 78-79) y, finalmente, hizo filología semítica en la Universidad Católica de América, en Washington, DC, donde permaneció desde el verano del 79 hasta febrero del 85, y donde se especializó en lengua y literatura siríaca. Allí fue profesor adjunto a la cátedra de siríaco, y obtuvo el doctorado con una tesis sobre la apocalítica cristiana en Oriente en el período del surgir del Islam.

Durante todos estos años, no deja de trabajar pastoralmente, sobre todo con jóvenes. Ya en 1975, junto con otros jóvenes sacerdotes, pone en marcha unos campamentos para jóvenes en los Picos de Europa, y unos cursos de verano para formación de jóvenes en Ávila. También junto con esos sacerdotes, crea la asociación cultural “Nueva Tierra”, para educar a los jóvenes a un testimonio culturalmente significativo de su fe. Durante su estancia en Alemania, a través de un joven jesuita de Frankfurt, conoce el Movimiento “Comunión y Liberación”, que estaba por entonces empezando también en España, y al que se terminarían uniendo gran parte de los sacerdotes y de los jóvenes de la Asociación “Nueva Tierra”. Incluso en los años de estudio en el extranjero, durante los veranos, sigue organizando los campamentos y los cursos de formación de Ávila.

Su nombramiento como Obispo Auxiliar de Madrid se hizo público el 20 de marzo de 1985, apenas regresado de Estados Unidos. Fue ordenado Obispo el 11 de mayo de 1985. Como Obispo auxiliar, se ocupó sobre todo de la Pastoral Universitaria y de Juventud, y del Centro de Estudios Teológicos “San Dámaso”. Fue profesor de ese mismo Centro, y también en el Instituto Diocesano de Filología Clásica y Oriental "San Justino", cuya creación impulsó. En Madrid, trabajó también en las áreas de Enseñanza, Catequesis, Familia y Medios de Comunicación Social.

El 15 de marzo de 1996 fue nombrado por el Santo Padre Obispo de Córdoba, e inauguró su ministerio el 18 de mayo de 1996. El 15 de marzo del 2003 se hizo público su nombramiento como Arzobispo de Granada, e inauguró su ministerio en Granada el 1 de junio de ese mismo año.

Al llegar a Granada, entre las iniciativas que D. Javier ha puesto en marcha desde el año 2003, figura la creación del Centro Internacional para el Estudio del Oriente Cristiano / Internacional Center for the Study of the Cristian Orient (ICSCO). El Centro ofrece cursos de algunas lenguas del Oriente cristiano, así como viajes a los países en los que se conservan las tradiciones cristianas de Oriente y las comunidades que las transmiten. Este centro se instalará en su día en la Abadía del Sacro Monte, que es su lugar natural. En septiembre de 2008, ICSCO organiza, junto con dos universidades libanesas, dos importantes congresos internacionales: el X Symposium Syriacum y el VIII Congreso Internacional de Estudios Árabes Cristianos.

También ha creado el Instituto de Teología “Lumen Gentium” y el Instituto de Filosofía “Edith Stein”. El Instituto de Teología “Lumen Gentium” está afiliado a la Facultad de Teología de “San Dámaso”, de Madrid. En él se forman los seminaristas de la Diócesis, y está abierto a otras personas interesadas en el estudio de la Teología. El Instituto de Filosofía “Edith Stein” quiere ser un lugar de estudio y de redescubrimiento de la Filosofía, según las orientaciones de la encíclica Fides et ratio, y también un lugar de creación y difusión de pensamiento cristiano en el mundo actual. En el año 2005, el Instituto de Filosofía “Edith Stein” organizó un encuentro en el que participaron unas 30 figuras relevantes del pensamiento teológico anglicano y protestante anglosajón (entre ellas, sobre todo, John Milbank y Stanley Hawervas), y en el 2007, un congreso organizado en colaboraboración con el Center for Filosophy and Theology, de la Universidad de Nottingham (Reino Unido), sobre el tema Belief and Metaphysics. Las actas de este congreso han sido ya publicadas en la colección Veritas de la editorial SCM de Londres. Y, de hecho, en este congreso participaron alrededor de 130 personas de todo el mundo.

Igualmente, D. Javier ha creado la Editorial “Nuevo Inicio”, que publica obras de pensamiento cristiano, y el Centro Cultural Nuevo Inicio, que sirve a una mayor conciencia de lo que significa una cultura cristiana, y quiere ayudar desde la fe a iluminar las realidades de la vida y la cultura contemporáneas.

En la Conferencia Episcopal ha sido miembro de las Comisiones de Enseñanza y Catequesis, de Medios de Comunicación Social, de Doctrina de la Fe, y de las Subcomisiones de Universidades y de Familia. Desde 1989 hasta 1993, fue miembro del Consejo Pontificio para el Diálogo con los no creyentes, y desde 1993 hasta 1998 ha sido miembro del nuevo Consejo Pontificio de la Cultura, que sustituyó al anterior. Desde 1998 es miembro del Consejo Pontificio para los Laicos.

En la Asamblea de los Obispos de las Provincias Eclesiásticas de Granada y Sevilla ha sido el Delegado para la Pastoral Social y de la Salud hasta diciembre del año 2000, y para la Catequesis hasta octubre de 2005.

Ha participado en diversos Congresos internacionales relacionados con el Cristianismo Oriental o con los Padres de la Iglesia (Chicago, Varsovia, Gröningen, Leuven, Catania, Lyon). Es también miembro de distintas asociaciones científicas y culturales, entre las que destacan la International Association for Coptic Studies, desde 1984, AEDOS (Asociación para el estudio de la Doctrina Social de la Iglesia), fundada en 1989, miembro del Honorary Commitee del Europe-Near East Centre “Terrasanta” de Bari, fundado en 1990, miembro del Comitato Scientifico Internazionale de la revista “La Nueva Europa”, publicada por el Centro Russia Cristiana de Milán, desde 1992, miembro de la Association Internacional d’études patristiques, desde 1992, y miembro del Comitato Promotor de la revista al-Waha (Studium Marcianum, del Patriarcado de Venecia).

Desde hace años, y en la medida en que sus responsabilidades pastorales se lo permiten, trabaja en la traducción española de las obras del Doctor de la Iglesia San Efrén de Nisibe.

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