Tras un cierto número de consultas, dentro y fuera de la diócesis, el Arzobispo D. Javier ha decidido iniciar los trabajos previos necesarios a la apertura del proceso de beatificación del que fue Primer Arzobispo de Granada, que podría abrirse en este mismo año. Para ello, han aceptado ya ser Postulador y Vice-postulador de la causa, respectivamente, el Religioso Trinitario P. Javier Carnerero, residente en Roma, Postulador de la Orden Trinitaria, y también de las causas de los Mártires de la Alpujarra y de los Mártires de la Persecución Religiosa en España en el Siglo XX, y el presbítero diocesano D. Eduardo García López, hasta hace poco Vicario Episcopal en la Diócesis y Delegado para las Causas de los Santos.
Igualmente, y para llevar a cabo los trabajos necesarios, el Arzobispo ha constituido una Comisión Histórica, coordinada por el Capellán Real Mayor, D. Manuel Reyes Ruiz, y que tendrá como secretaria a Dña. Maria Soledad Albaladejo Pérez. En esa comisión se reunirán historiadores, de Granada o de otros lugares, que han venido trabajando en la vida de Fray Hernando, en su obra o en su época. Se invitará a que formen parte de ella a quienes ya constituyen la Comisión Histórica para la beatificación de los Mártires de la Alpujarra El objetivo es reunir, y en su caso, publicar, toda la enorme masa de documentación pertinente, documental e iconográfica, en orden abrir el proceso diocesano y preparar lo antes posible una positio o documento sintético que presente a la Santa Sede las conclusiones del proceso diocesano, en el caso de que el resultado de ese proceso fuera positivo.
Los indicios de que pudiera serlo son numerosos: su actuación como Consejero de la Reina Isabel fue siempre inspirada en criterios morales y de fe, y orientada al bien común del pueblo. Nunca aduló a los Reyes o a los Nobles. Trabajó incansablemente por la evangelización de Granada, con un espíritu profundamente cristiano, más marcado por los procedimientos y estilos de la fe que por consideraciones ideológicas derivadas de los intereses del estado. Defendió a los judíos cuando se discutía el decreto de expulsión, procuró que se protegiera a los cristianos nuevos. Aprendió el árabe, e hizo editar una gramática y un diccionario árabe; permitió el uso del árabe y de los instrumentos musicales árabes en la liturgia, Los musulmanes de la ciudad le llamaban “el santo alfaquí”. Por todo ello, sufrió la persecución de la Inquisición, pero en abril de 1507 el Papa Julio II le declaró inocente de toda imputación heterodoxa. Murió el 14 de mayo de 1507, con fama de santidad, que se ha mantenido intacta hasta nuestros días, a pesar de que hoy se ignora el paradero de su sepulcro. Éste fue inicialmente lugar de peregrinación por parte de los fieles, pero fue trasladado con motivo de las obras de construcción de la Iglesia del Sagrario. Ese traslado y algunas disputas entre los capitulares de Granada acerca de las precedencias de los sepulcros de los primeros arzobispos de Granada, movidas por intereses de familiares de alguno de ellos, hizo en último término que se perdiera la memoria de su enterramiento, pero no la fama de su santidad y la veneración, que permanece entre el pueblo cristiano de Granada hasta el día de hoy.
