Nació el 14 de julio de 1863 en Motril. Estudió en el Seminario de San Cecilio, residiendo en el Colegio de San Fernando. Recibió el presbiterado el 17 de diciembre de 1892 con 29 años. Habiendo entrado en el Seminario en 1887 con 21 años, hizo en cinco la carrera breve de seis cursos con calificaciones excelentes.
Fue beneficiado en la Iglesia Mayor de la Encarnación de Motril, coadjutor de Salobreña y párroco de Lobres. El Siervo de Dios fue un hombre inteligente y muy trabajador. Con espíritu emprendedor, colaboró con diversas iniciativas a favor del pueblo motrileño. Destaca su intensa labor benéfica y social, también a favor de la Cruz Roja Española de la que fue Vicepresidente en el distrito de Motril y recibió la medalla de oro de la misma en 1897, por la labor llevada a cabo en el salvamento de náufragos. En 1907 marchó a Argentina y sirvió la parroquia de la Inmaculada Concepción de Buenos Aires hasta 1922. Vuelto a Motril fue beneficiado de la Iglesia Mayor hasta su muerte.
El 25 de julio de 1936 fue un día sangriento en Motril. Fue profanado el templo de la Encarnación y otros templos, cinco religiosos agustinos fueron asesinados en la vía pública y Manuel también fue asesinado en la calle de las Cañas, cuando, después de estar refugiado en casa del sacristán, iba hacia su domicilio. Alguien alertó a un grupo de milicianos que allí iba el cura e inmediatamente le dispararon, dejándolo tendido en el suelo donde durante unas horas fue objeto de burlas. Sus restos están en fosa común del cementerio de Motril.
Al día siguiente, 26 de julio, también fueron fusilados otro religioso agustino y Manuel Martín Sierra, párroco de la Divina Pastora. El Padre agustino Vicente Soler lo fue el 15 de agosto. Todos ellos ya fueron beatificados en 1999 y con ocasión de su beatificación el pueblo motrileño dirigía su atención también a este otro sacerdote, que era motrileño de nacimiento y había sufrido en las calles de Motril similar martirio, pidiendo su beatificación.
El Beato, Vicente Soler, según se testificó en su Causa de beatificación, cuando se enteró del martirio del Siervo de Dios Manuel Vázquez exclamó: El martirio de este sacerdote será semilla de vocaciones sacerdotales y religiosas, que florecerán numerosas en esta ciudad de Motril. Por gracia de Dios, así ha sido. Con las vocaciones femeninas a la vida consagrada activa y contemplativa, entre el año 1937 y 2007 los sacerdotes diocesanos motrileños han sido trece; los religiosos presbíteros de diversas órdenes, doce y los religiosos profesos no sacerdotes, dos.
El Siervo de Dios Manuel Vázquez Alfalla murió con más de setenta y tres años, el más anciano de los dieciséis mártires que van a ser beatificados.