Aunario pasó su juventud en una corte real, pero renunció a las pompas del mundo y se puso bajo la dirección espiritual de san Siagrio obispo de Autun. Éste fue quien lo ordenó sacerdote y, en 561, fue elegido para presidir la sede de Auxerre.
San Aunario fue uno de los obispos más influyentes y respetados de su tiempo en Francia, tanto en los círculos civiles como en los religiosos, pero su máxima actividad la desarrolló en el terreno de la disciplina eclesiástica. Estuvo presente en el sínodo de París que presidió san Germán en el año de 573, así como en las dos asambleas de Macon, en 583 y 585, de donde surgió el decreto que prohibía a los clérigos citarse entre sí para comparecer ante los tribunales civiles y otra legislación que estableció el derecho de los obispos para intervenir en favor de las viudas, los huérfanos y los esclavos liberados. En aquellos sínodos se reforzaron los decretos para la observancia del domingo y el pago de los diezmos.
Celoso en el establecimiento de la disciplina en su propia diócesis, infatigable en la vigilancia sobre la moral pública y ansioso por instruir a su pueblo en todo lo concerniente a su vida cristiana, Aunario convocó particularmente dos sínodos en Auxerre para aplicar las mencionadas legislaciones en su propia iglesia. En la primera de aquellas asambleas fueron decretados cuarenta y cinco cánones, muchos de los cuales abordaban de manera interesante y nueva los hábitos y costumbres del lugar y la época, cuando los resabios de las supersticiones del paganismo y los abusos en las prácticas del cristianismo, no habían alcanzado todavía la inofensiva respetabilidad de “vestigios folklóricos”.
Se prohibió a las gentes utilizar los recintos de las iglesias para la danza y el canto de trovas y romancillos profanos o cualquier otro entretenimiento ajeno a las prácticas de la religión. También disfrazarse con pieles de ciervo o de becerro el día del Año Nuevo, intercambiar “regalos malignos”, hacer votos o juramentos ante hierbajos, árboles, pozos o fuentes “sagrados”, practicar las artes de la magia o reunirse en casas particulares para celebrar las vigilias de las fiestas solemnes.
Para edificación y aliento de los fieles, san Aunario mandó escribir las biografías de sus dos distinguidos predecesores en la sede de Auxerre, san Amado y san Germán y, con el fin de llevar con más orden y concierto los servicios de su iglesia, aumentó considerablemente los ingresos de su sede. Los miembros del clero secular y los monjes fueron obligados a asistir a los oficios divinos diariamente, y cada iglesia y monasterio, por turno, debía entonar con toda solemnidad las letanías e intercesiones, durante un día cada mes.