A principios del siglo XII, la abadía de Cluny, centro y capitanía de un centenar de monasterios y sus dependencias dispersos por toda Europa, estaba gobernada por un monje incompetente e indigno llamado Poncio, que había sido elegido para el puesto cuando era aún demasiado joven.
En vista del general descontento, Poncio renunció a su puesto en circunstancias que equivalían a la deposición y, como su sucesor murió casi inmediatamente después de asumir el cargo, fue elegido en su reemplazo el P. Pedro de Montboissier, prior de Domène. Pedro pertenecía a una noble familia de la Auvernia, se había educado en el monasterio de Sauxillanges, dependiente de Cluny y, ya desde la edad de veinte años, era prior de Vézelay. Apenas había cumplido los treinta años, fue elegido para gobernar la casa matriz y su federación de monasterios.
Ocupó el cargo en 1122 y, durante los treinta y cuatro años que lo conservó, la abadía de Cluny alcanzó tanta influencia y tan grande prosperidad, como nunca volvió a tenerlas. Sin embargo, durante los primeros tiempos de su tarea, no le faltaron amarguras y dificultades. En el año de 1125, Poncio, el antiguo abad, llegó de Italia al frente de un ejército bien pertrechado, se presentó en Cluny cuando el abad Pedro se hallaba ausente, tomó la casa por asalto, expulsó violentamente a todos los monjes que se negaron a aceptar su mando y se instaló para administrar los asuntos del monasterio con su habitual forma desordenada. Los partidarios de Pedro y los de Poncio enviaron delegaciones a Roma, citados por el Papa Honorio II, quien condenó a Poncio a la degradación y a la prisión. A resultas de aquélla sentencia, surgió una desafortunada controversia entre los monasterios de Citeaux y Cluny, puesto que San Bernardo acusó a los cluniacenses de relajamiento, y éstos respondieron con el cargo de que era humanamente impracticable la regla de los cistercienses.
La tendencia general que siguió la controversia, demostró que el abad Pedro apoyaba la ampliación tolerante de la regla de San Benito. Tras un examen riguroso y una investigación a fondo respecto a las acusaciones de los cistercienses, el abad Pedro, junto con el abad Suger de Saint-Denis, respondió a lo que hubiese de verdad en las críticas, con una reforma y la imposición de una disciplina más estricta. Fue por aquel entonces, en el año de 1130, cuando Pedro visitó Inglaterra e hizo el intento de poner a la abadía de Peterborough bajo la dirección de Cluny.
En 1139 viajó a España, donde contrató los servicios de dos hombres que conocían bien el árabe, a fin de que hiciesen, para mayor cultura y prestigio de su abadía, la traducción del Corán y de algunas obras de astronomía, al latín. En 1140, Pedro Abelardo se detuvo en Cluny durante su viaje a Roma, a fin de formular una apelación en contra de la condenación de sus opiniones pronunciadas en Sens, pero mientras Abelardo se hallaba en Cluny, llegaron noticias de que la condena había sido confirmada por el Papa Inocencio. Entonces, el abad Pedro ofreció hospedaje a Abelardo, gracias a sus buenos oficios obtuvo de la Santa Sede una mitigación de la sentencia condenatoria y propició una entrevista entre Abelardo y San Bernardo para lograr la reconciliación entre ambos. Demostró siempre que era un amigo leal y generoso de Abelardo y cuando éste murió, dos años más tarde, envió el cadáver a la abadesa Eloísa , para que le diese sepultura en el cementerio de Paracleto, con toda suerte de seguridades de que había muerto con la absolución y en comunión con la Iglesia. Asimismo, el abad Pedro escribió para su amigo un extravagante epitafio, en el que comparaba al filósofo Abelardo con Sócrates, Platón y Aristóteles.
Murió como deseaba el día de Navidad de 1156, después de haber predicado a sus monjes sobre el significado de la festividad.
