Hijo de padres cristianos y nacido en Córdoba, San Prefecto se ordenó sacerdote siendo un gran conocedor del idioma árabe.
Fue a principios del año 850 cuando es interpelado por un grupo de musulmanes, acerca de su idea sobre Cristo y Mahoma. Se atrevió a declarar su firme fe en Cristo como Mesías y Salvador.
Sobre Mahoma, quiso un diálogo abierto y les pidió al grupo de musulmanes que le prometiesen que no le harían nada malo al exponer su opinión. Tras conseguir ese acuerdo de palabra, el sacerdote expuso su idea de que, a sus ojos, Mahoma era un pecador y no un verdadero profeta.
Pocos días después fue llevado ante el juez, el cadí, acusado de blasfemia. Perfecto fue arrojado en la prisión durante el mes del Ramadán. Al ser sacado de ella confesó haber maldecido a Mahoma y lo maldijo de nuevo, siendo inmediatamente decapitado. Su cuerpo recibió sepultura en la Basílica de San Acisclo.
