Francisco José Prieto Fernández nació en Ourense el 18 de agosto de 1968. Cursó estudios eclesiásticos en el Instituto Teológico “Divino Maestro” de Ourense, centro afiliado a la Facultad de Teología de la Universidad Pontificia de Salamanca (1986-1992) y fue ordenado sacerdote el 26 de junio de 1993.
Es licenciado en Teología Patrística por la Facultad de Teología de la Universidad Gregoriana de Roma (1992-1994) y doctor en Teología Bíblica por la Facultad de Teología de la Universidad Pontificia de Salamanca (2008).
Vicario episcopal para la Nueva Evangelización desde 2012
Su ministerio pastoral lo ha desarrollado en la diócesis de Ourense. Allí es, en la actualidad, capellán del monasterio de San José (Clarisas) (desde 2004) y vicario episcopal para la Nueva Evangelización de Ourense (desde 2012).
Esta actividad pastoral la ha compaginado con la docencia en el el Instituto Teológico “Divino Maestro” de Ourense como profesor de Patrología y Orígenes del Cristianismo (desde el curso 1995-1996); de Metodología Científica (desde el curso 2007-2008); de Cristología (desde el curso 2009-2010) y de Mariología (desde el curso 2018-2019). Es profesor invitado en el Instituto Teológico Compostelano (desde el curso 2017-2018) y director del Centro de Ciencias Religiosas San Martín en Ourense, sección del Instituto Superior Compostelano de Ciencias Religiosas. Formación Permanente del Clero de la diócesis de Ourense (desde el año 1995).
Miembro de la Asociación Bíblica Española (desde 2002) y de la Comisión Teológica Asesora de la Conferencia Episcopal Española (desde 2013), es secretario del consejo de redacción de la revista Auriensia, publicación del Instituto Teológico “Divino Maestro” (desde 1998).
Anteriormente ha desempeñado los siguientes cargos pastorales: vicario parroquial de la parroquia de Santa Teresita (1994-1995); formador del seminario menor (1995-1996); administrador parroquial de Chaguazoso, Manzalvos, Cádavos y Castromil (1996-1997), de Vilar das Tres (1997-2001) y de Carballeda (O Reino), Torrezuela, Corna y Coiras (2008-2009), además de vicario parroquial de San Pío X (2009).