Nace en la población de Totaliche en 1869, dentro de una familia mejicana muy humilde. Trabajó junto a ellos, ayudando en las faenas del campo, hasta los 19 años. En 1888 ingresa en el seminario de Guadalajara donde se distingue por su piedad, honradez y aplicación.
Su ordenación llegó once años después, en la iglesia de Santa Teresa en Guadalajara. Se desempeñó como capellán y subdirector de la escuela de artes y oficios en la propia ciudad de Guadalajara. Su entrega a la viña de la Iglesia se llevó a cabo organizando centros de catecismos y fundando escuelas en rancherías de familias pobres, además de un asilo.
El 21 de mayo de 1927, con la persecución religiosa de las Guerras Cristeras ya comenzada, Cristóbal se ve en medio de un tiroteo entre los cristeros y las fuerzas federales. En esa situación, se ve sorprendido y es arrestado por las fuerzas del general Goñi. Es encarcelado en Totaliche junto a su vicario, el padre Caloca.
Los trasladan al palacio municipal de Colotitlán donde los fusilan el 25 de mayo de 1927. Magallanes, al ver un poco nervioso a su compañero, le dijo: “Tranquilízate hijo, solo un momento y después el cielo”. Ambos se dieron la absolución mutuamente y fueron asesinados por un pelotón de fusilamiento. Sam Cristóbal antes de ser fusilado dijo: “soy y muero inocente; perdono de corazón a los autores de mi muerte y pido a Dios que mi sangre sirva para la paz de los mexicanos desunidos”.
Fue beatificado el 22 de noviembre de 1992 y canonizado por el Papa Juan Pablo II el 21 de mayo del 2000, el mismo día en que subió a la Casa del Padre, junto a otros junto a otros 23 mártires mejicanos, tres de ellos laicos.