Vivió sus primeros años de ministerio en su ciudad natal, hasta que llegó el decreto de expulsión de Carlos III en 1767. Fueron años sin duda difíciles para la Orden de San Ignacio, que sería abolida por el Papa 1773. Durante estos años, el zaragozano Pignatelli residirá en las ciudades italianas de Civitacecchia, Córcega, Génova, y especialmente en Bolonia, donde estará entre 1773 y 1797.

El último reducto de la Compañía de Jesús está en Rusia, y Pignatelli comprende que la restauración legal de la Compañía de Jesús ha de pasar por la adhesión a la Compañía de Rusia. En medio de esa incertidumbre, renovó su profesión religiosa en su capilla privada de Bolonia.

Pignatelli es desde entonces una figura importante en la restauración de la Compañía de Jesús, preparando el terreno para que fuese posible en Roma, en Nápoles o Sicilia. Formará a nuevos candidatos, reorganizará a antiguos jesuitas españoles e italianos dispersos y buscará nuevas vocaciones que forzosamente han de adherirse, como él mismo, a la Compañía de Rusia.

Pignatelli supo que el restablecimiento de la Orden de San Ignacio solo podía pasar por la humildad, la tribulación, el fracaso y la cruz, cosa que asumió con notoriedad. A pesar de todo, no llego a ver la restauración de la Compañía, en 1814, pues murió en Roma el 15 de Noviembre de 1811.